田植え体験や野菜作り、地引網、キャンプ、里山探検など様々な自然体験学習を通して、多感な少年時代に貴重な体験、素晴らしい感動を得ることを目的としている。アドバイザーとして様々な職業の定年者が活動に参加するほか、中・高生のサブアドバイザー、高齢者との交流を図るなど、地域の世代間交流の一翼を担っている。

全校生徒14名の小規模校で清流を棲みかとするハナカジカの育成や河川周辺の環境美化活動に取り組む。全国でもあまり例のない保護活動のため、水温管理や稚魚の餌の選定などに試行錯誤を重ねたものの、現在、一連の活動は順調で、地域の不法投棄物の撤去のきっかけになるなど地域への波及効果は高く、県内でも知られる活動になっている。

青少年を対象とする野鳥観察会や水鳥観察会のほか、ブナ自然林の保護活動や水辺林保全活動に取り組む。また、ブナ林研究の第一人者、河野京大名誉教授とともに会津のブナ林の世界遺産登録をめざし、行政と連携した環境保全活動を実施している。

病弱養護学校である特質上、隣接病院に入院する児童生徒を外に連れ出そうと、巣箱掛けや野鳥観察を始め、現在では校内にビオトープを造成し、絶滅危惧植物であるミズアオイを栽培するなど活動の幅を広げている。

豊かな自然環境の再生をめざして、ホタルの里作り活動やビオトープでのメダカの飼育、「田んぼの学校」活動をはじめとする有機農業などに取り組み、地元の子供たちだけに留まらず、東京の子供たちも参加。また、地域住民に対して環境講座を設けたり、パネラーを招いてシンポジウムを行うなど活動は多岐にわたる。

年間を通してクラブ活動でホタルの飼育に取り組むほか、総合学習の授業でも学習題材として取り上げる。毎年開催される鑑賞会は市内外から2000人以上の人が訪れるなど地域イベントとして定着している。また、昨年からホタルの活動を継続的に取り組むために学校・PTA・地域が一丸となって有志と卒業生らから成るホタル保存会を発足。

荒れた学校の裏山をササユリが咲き、小鳥が住む里山にしたいという児童の願いから、再生活動に取り組む。地域の老人クラブなどの協力を得ながら、樹木の間伐や下草刈り、炭焼き、シイタケの菌打ちなどのほか、山菜採り、竹の子掘りなど学校行事に様々な野外活動が取り入れられている。

優れた水質浄化能力をもつことを立証以降、パピルスを環境のシンボルとして栽培。町内での無料配布、栽培に米のとぎ汁の利用を呼びかけるなど啓発にも取り組む。また、パピルス栽培をきっかけに環境への関心が高まり、「藤原中環境宣言」を策定したり、町行政に「藤原町学校版環境ISO」認証システム構築を要請するなど活動は高度化している。

地域の公民館や小学校と連携して、清掃や花いっぱい運動などの美化活動、川・干潟・海の水質調査などに取り組む。また、恵まれた情報通信環境を生かし、他地域の社会教育施設とのネットワーク授業を行うなど、校外の専門家を積極的に活用した取り組みを実践している。

生態系保護をめざして、ナショナルトラスト運動を展開。その買い上げた土地に日本初のビオトープ体験学習場「エコ学習公園」を造成。しいたけ栽培やカブトムシの保護など子供達の自然体験の場として活用されている。また、野鳥保護を目的として、密漁の監視、放鳥運動にも取り組む（環境省へ陳情）。